報(bào)告題目：SIRIUS及其擴(kuò)展：從串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)解析代謝物結(jié)構(gòu)信息

報(bào)告人：   Sebastian B?cker

報(bào)告時(shí)間：2024年9月25日（星期三）15:30

報(bào)告地點(diǎn)：線下 綠色環(huán)境樓200階梯教室

邀請(qǐng)人：   張琨

報(bào)告摘要：

    液相色譜質(zhì)譜（LC-MS）是一種用于分析代謝物和其他小分子物質(zhì)的高靈敏度實(shí)驗(yàn)平臺(tái)。然而，從串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)中解析代謝物結(jié)構(gòu)依然非常具有挑戰(zhàn)性。在非靶向代謝組學(xué)實(shí)驗(yàn)中，只有少數(shù)譜圖可以通過(guò)質(zhì)譜庫(kù)進(jìn)行注釋。過(guò)去十多年里，Sebastian B?cker教授的團(tuán)隊(duì)一直致力于為這一任務(wù)開發(fā)計(jì)算解決方案。在本次報(bào)告中，他將解釋CSI如何在分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索查詢的MS/MS質(zhì)譜數(shù)據(jù)；CANOPUS如何為查詢的質(zhì)譜數(shù)據(jù)分配數(shù)千種化合物類別，即使該化合物在所有結(jié)構(gòu)和質(zhì)譜數(shù)據(jù)庫(kù)中都不存在；以及COSMIC如何為數(shù)據(jù)庫(kù)搜索結(jié)果分配置信度。此外，他將介紹SIRIUS 6軟件的新功能，例如整合MSNovelist用于de novo結(jié)構(gòu)解析，以及Epimetheus用于組合碎片分析和結(jié)果驗(yàn)證等內(nèi)容。

報(bào)告人簡(jiǎn)介：

    Sebastian B?cker 是德國(guó)耶拿弗里德里希席勒大學(xué)計(jì)算機(jī)科學(xué)研究所的生物信息學(xué)教授。他在比勒費(fèi)爾德大學(xué)學(xué)習(xí)數(shù)學(xué)，并獲得了生物數(shù)學(xué)博士學(xué)位，專注于理論系統(tǒng)發(fā)育學(xué)。隨后，他進(jìn)入工業(yè)界工作了三年，開發(fā)了用于解釋 DNA/RNA 質(zhì)譜數(shù)據(jù)的計(jì)算方法。他以獨(dú)立研究負(fù)責(zé)人的身份回到比勒費(fèi)爾德大學(xué)，之后在耶拿擔(dān)任現(xiàn)任職務(wù)。他的研究興趣主要是方法驅(qū)動(dòng)的，最初專注于組合學(xué)和算法學(xué)；后來(lái)，隨機(jī)學(xué)和機(jī)器學(xué)習(xí)也成為其感興趣的方法。在應(yīng)用方面，他的研究重點(diǎn)是從質(zhì)譜數(shù)據(jù)中注釋小分子，他所在團(tuán)隊(duì)提出的 SIRIUS、CSI:FingerID 和 CANOPUS 被《Nature Methods》評(píng)為“值得關(guān)注的方法”。此外，他還是德國(guó)研究聯(lián)合會(huì)的埃米·諾特（Emmy Noether）研究員（計(jì)算機(jī)科學(xué)行動(dòng)計(jì)劃），也是亞歷山大·馮·洪堡學(xué)會(huì)的研究員。2022年，他和團(tuán)隊(duì)獲得了圖林根研究獎(jiǎng)。